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环球新动态:如何设计引物_如何设计引物?
来源:元宇宙网  时间:2023-03-16 14:03:01
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最近这段时间总有小伙伴问小编如何设计引物_如何设计引物?是什么,小编为此在网上搜寻了一些有关于如何设计引物_如何设计引物?的知识送给大家,希望能解答各位小伙伴的疑惑。

1、首先你要得到你要设计的引物的目的基因。这里我用一个GFP基因来给大家解释一下。将目标基因保存在txt文档中,或者直接复制然后在DNAMAN中创建新文档并复制进去。下面是我们要设计的引物的GFP基因序列。固定接地

2、2打开DNAMAN,在菜单中选择PrimerLoadPrimerFromInput。从上一步的目的基因序列开始复制粘贴约20个碱基(引物长度应在15-30bp之间,常用18-27bp)。比如我们试试前20个碱基是否合适,复制粘贴ATTGATGTGATATCTCCACT的20个碱基,点击确定。


(相关资料图)

3、3再次点击Primer,选择MeltingTemperature,打开对话框。这里可以看到你的碱基序列,编号和Thermo,也就是Tm值,也就是溶解温度。一般Tm值最好在55-70之间,PCR仪的退火温度一般设置为比引物低5(不过我们一般设置为55,所以Tm值在60左右)。

4、从上图可以看出,我们20个碱基的Tm值只有49度,显然太低了,需要增加碱基数。我们取前24个碱基粘贴进去,点击下面的ShowTm,看这个引物的Tm值。发现是60.3度,很合适,就用这个。这样,设计了正向引物并保留了24个碱基序列。固定接地

5、5反向引物设计需要反向互补目的基因序列,然后按照与正向引物相同的方法进行设计。在DNAMAN中可以快速方便地进行互补操作。打开DNAMAN,选择左边第一个通道,然后点击菜单栏中的sequence loads request from sequence File…将我们保存目的基因的txt文档导入到软件中。[打开txt文档时,记得在打开的窗口中选择文件类型中的所有文件]

6、6您可以看到序列已经被导入到第一个通道中。双击这个频道可以看到我们序列的详细信息。

7、7保持选择通道1,选择序列显示序列,并打开对话框。

8、8在对话框中选择ReverseComplementSeq,并取消所有其他复选框。然后单击确定。固定接地

9、这样就可以看到目的基因的反向互补序列。

10、10对这个反向互补序列做和上面正向序列设计的引物一样的操作,设计引物。我直接告诉你我设计的结果:前24个碱基,即TCAAAGATCTACCATGTACAGCTC,Tm值57.6,比较合适。这个底火的设计完成了。有了刚才设计的正向引物和这里设计的反向引物,就可以找公司帮我们合成引物了。

本文到此结束,希望对大家有所帮助。

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